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株券電子化前に、上場株券の管理に関して利用されていた制度で、「株券等の保管及び振替に関する法律」に基づく制度をいう（株券電子化後は、保管振替制度に代わって、株式等振替制度が利用されることとなった）。

なお、保管振替制度のもとで管理されている株券の株主名簿上の名義は、「株式会社証券保管振替機構」であった。