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所得税は、各種の所得金額を合計し総所得金額を求め、累進税率に基づき税額を計算して、確定申告によりその税金を納める「総合課税」が原則である。しかし、例外的に、他の所得とは合算せず、その所得単独で税額を分離して計算する「分離課税」によるものもある。

分離課税の方式には、「源泉分離課税」と「申告分離課税」がある。

源泉分離課税

特定の理由により所得を得るときに、あらかじめ税金が源泉徴収された金額を受け取ることで納税が完了する制度。源泉分離課税の対象となる所得を得る場合、個人は税金が差引かれた後の金額を受け取るので、課税関係は終了し、確定申告の対象にはならない（確定申告を行わない点が、申告分離課税と異なる）。源泉分離課税が適用される所得の例として、預貯金や一般公社債の利子などが挙げられる。

申告分離課税

特定の理由により生じた所得について、他の所得金額と合計せずに、その所得単独の税額を分離して計算し、確定申告を行うことで、その税金を納める制度（確定申告を行う点が、源泉分離課税と異なる）。申告分離課税が適用される所得の例として、土地・建物等の譲渡による譲渡所得や株式の譲渡所得、山林所得などがある。

なお、上場株式等の配当等については申告分離課税の適用ができるほか、総合課税（確定申告要）、配当受取時の源泉徴収のみ（確定申告不要）のいずれの方式でも納税が可能である。

金融所得課税の一体化に伴い2016年1月から、特定公社債の利子および公社債投資信託の収益分配金、債券・公社債投資信託の譲渡益、債券の償還益は、上場株式・公募株式投資信託等の譲渡益と同様に、申告分離課税に一本化された。