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一般に、株券が廃止された株式について、「社債、株式等の振替に関する法律」に基づき、振替機関・口座管理機関が作成する振替口座簿の記録により、その権利の帰属を把握する制度をいう。平成21年1月5日以降は、すべての上場株券が電子化され、振替制度を利用して管理されている。

振替制度はそれまで上場株券について利用されていた保管振替制度（「保管」がつく）と類似するが、保管振替制度において、発行会社は権利の帰属を株主名簿と実質株主名簿で二元管理していたのに対し、振替制度においては、発行会社は株主名簿のみで一元管理する。