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約定に基づき、証券と資金の受渡しによって、売買取引を済ませること。株式先物取引やオプション取引、信用取引では期日までに反対売買をすれば、現物の受渡しをせずに差金の授受によって清算することもできる（差金決済）。

株式市場などで取引が成立し、決済が行われるまでの流れは、大きく売買、清算、決済の三つの段階に分けられる。このうち、決済機能を担う決済機関には、証券決済を行う証券保管振替機構（ＣＳＤ）と資金決済を行う銀行（日本銀行を含む）があり、株式や債券などの証券の保管や口座振替による決済を行っている。