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略して「ほふり」とも呼ばれる。株券などの有価証券の保管、受渡しの合理化を図ることを目的として制定された。証券取引における証券決済機関として、証券の売買が行われた後の照合、清算、決済に係るサービスを提供している。

2009年1月施行の「社債、株式等の振替に関する法律」により、株券等がすべて廃止され電子化されたため、株券等の存在を前提として行われてきた株主等の権利の管理（発生、移転及び消滅）を、証券保管振替機構や証券会社などの金融機関の口座で電子的に行っている。